Это можно сделать, используя contourf
с двумя уровнями, установив нижний уровень на ноль, а верхний уровень меньше единицы, например:
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
x = np.linspace(0, 1, 100)
X, Y = np.meshgrid(x, x)
Z = np.sin(X)*np.sin(Y)
levels = np.linspace(-1, 1, 400)
zdata = np.sin(8*X)*np.sin(8*Y)
plt.contourf(X, Y, 1*(zdata>=0.5), levels=[0,.9]) # polka dot z-values here are 0s and 1s