Самый простой способ - использовать команду SCP:
scp /your/local/file admin@your-mikrotik.cz:/
Затем, когда вы выводите список файлов на mikrotik, вы можете найти ваш файл в каталоге root:)
Также вы можете скачать файл из МК таким же образом:
scp admin@your-mikrotik.cz:/file /save/local/file