Это не роль Linq To Sql в вашей архитектуре. Вам необходимо создать таблицы до развертывания новой версии модели данных.
Вы можете либо вручную обновить ваши db с прямыми командами SQL, либо упаковать их с развертыванием (например, с помощью сценариев непрерывной интеграции или чего-то подобного Migrator.NET)