Bootstrap классы (col-xs, col-sm) добавляют ширину вашему элементу div. Что касается высоты, min-height устанавливает только минимальную высоту, поэтому, если содержимое превышает min-height, оно будет растягиваться еще дальше. Чтобы установить высоту и ширину, используйте:
.isotope-item {
height: 500px;
width: 500px;
}
Но убедитесь, что css не конфликтует с bootstrap классами (col-xs-12 установит свою собственную ширину).
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Я посмотрел на веб-страницу, на которую вы ссылались. Проблема не совсем в высоте изотопа-предмета. Вы задаете для поля высоту 500, но содержимое (особенно текст) слишком велико, чтобы уместиться - поэтому оно «выпадает» из высоты 500 пикселей. Почему нижняя коробка не сдвигается вниз? Поскольку у блока есть позиция: абсолютная, поэтому он не выравнивается по сетке, как должно, у него есть определенные c координаты, на которые он установлен.
Самый простой способ исправить это? Добавьте высоту: 500 пикселей и переполнение: авто к вашим коробкам. Но это не будет выглядеть красиво. Следующая лучшая вещь - ограничьте количество текста, которое может go внутри блока.
Кроме этого, вам нужно переделать сетку и не использовать абсолютное положение, поэтому блоки выравниваются по их высоте.