Если я правильно понимаю, вы хотите что-то вроде этого:
input = np.array([[1, 2, 3],
[4, 5, 6],
[7, 8, 9]])
indices = [2, 4, 6]
mask = np.isin(input, indices)
# array([[False, True, False],
# [ True, False, True],
# [False, False, False]])
input[mask] = np.random.choice(indices, np.count_nonzero(mask))
# array([[1, 6, 3],
# [6, 5, 4],
# [7, 8, 9]])