Увеличить / настроить стиль на графике RDA

Question

Я новичок в R, и я делаю диаграмму RDA с графиком некоторых данных, полученных с помощью пакетов vegan и adespatial, диаграмма, которая генерирует меня, выглядит следующим образом:

График сгенерировано

График верный, но эстетически он не очень хорош, потому что интерпретировать его сложно, так как вы даже не можете оценить имена, что я хочу, чтобы иметь возможность каким-то образом изменить масштаб, чтобы данные выглядели более рассредоточенными и, таким образом, оценивать данные.

Я бы хотел, чтобы мои графики c выглядели примерно так, где Вы можете увидеть по крайней мере инициалы имен

Пример диаграммы

Мой код, с которым я сгенерировать график:

windows(width = 12, height = 10)

par(mar=c(3,3,1,1), mgp=c(2,1,0), cex=0.8, maii=c(0.1,0.1,0.2,0.1))

plot(str.rda, xlab="RDA1 (32.16 %)", ylab="RDA2 (14.46 %)", display=c("cn", "lc", "sp"), type="n", xlim=c(-0.8,0.8),correlation=TRUE)

sites.sc <- scores(str.rda, choices=1:2, scaling=2, display="lc")
points(sites.sc, pch=1, cex=0.5)
text(sites.sc,row.names(sites.sc), cex = 0.6, pos = 4, col = "chocolate1")

va.sc <- scores(str.rda, choices=1:2, scaling=2, display="sp")
sp.names<- c("Americabaetis", "Baetodes", "Camelobaetidius", "Cloeodes", "Nanomis","Varipes","Zelusia","Caenis", "Trichorythodes",  "Lumahyphes","Farrodes","Thraulodes", "Anacroneuria", "Protoptila","Helicopsyche", "Leptonema", "Smicridea", "Alisotrichia", "Celaenotrichia", "Cerasmatrichia", "Hydroptila", "Metrichia", "Neotrichia", "Orthotrichia", "Oxyethira", "Rhyacopsyche", "Chimarra")
text(va.sc[c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27 ),], sp.names[c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27 )], cex=0.8, font=3, pos=3,offset=0.1)

env.sc <- scores(str.rda, choices=1:2, scaling=2, display="bp")
arrows(0,0, env.sc[1:3,1], env.sc[1:3,2], lty=1, lwd=1, col="Blue", length=0.1)

env.names <- c("DQO", "DBO", "Turbidez")
text(env.sc[c(1,2,3),], env.names[c(1,2,3)], cex=0.9, font=2, pos=2,offset = 0.1)

Я читал и нашел несколько альтернатив, таких как изменение xlim (минимальное значение, максимальное значение) и ylim (минимальное значение, максимальное значение), однако график продолжает выходить таким же образом, поэтому я делаю Не знаю, что я могу сделать, чтобы улучшить его эстетически, я ценю ваше внимание и помощь.

Answer 1

Одна вещь, о которой вы должны знать, это то, что использование plot(str.rda) фактически вызовет vegan:::plot.cca(), который не ведет себя как plot.default(). Чтобы избежать этого, вы можете просто использовать пустой график с двумя точками:

plot(c(-1, 1), c(-.8, .8), xlab="RDA1 (32.16 %)", ylab="RDA2 (14.46 %)", type="n")
abline(h = 0, v = 0, lty = 2, lwd =.5) # add x=0 and y=0 guide lines
# then you can add the rest of your code

Обратите внимание, что при этом xlim и ylim будут вести себя так, как вы ожидали. Надеюсь это поможет.