У меня получилось неприятное решение. Я клонировал объект UserModel, добавил дублированное поле для id с нужным мне настраиваемым ключом и сказал Flask -Безопасность использовать этот объект в качестве UserModel Это код функции, который я использовал:
def clone_model(model):
data = model
attr = getattr(model, "id_user")
setattr(data, "id", attr)
return data
cUserModel = clone_model(UserModel)
user_datastore = SQLAlchemyUserDatastore(db, cUserModel, Roles)
security = Security(app, user_datastore)
Надеюсь, кто-нибудь найдет это полезным