Как правильно корректировать в функции ggline? - PullRequest
Новая
       56

Как правильно корректировать в функции ggline?

0 голосов
/ 08 апреля 2020

Мой фрейм данных выглядит так: dataframe

Я использовал ggline для построения графика графика с помощью add = c("mean_se", "jitter"). Мой план состоял в том, чтобы отделить график с помощью функции facet.by внутри ggline, чтобы отделить мой график от столбца «Белок», который соответствует столбцу «Пептид». Однако функция facet.by, показывающая метку оси x со всеми пептидными метками, даже на верхней панели, помечена как «Белок», соответствующий пептиду. Я покажу свои коды здесь. 

p_221_anova_plot = function(anova_plot_df) {
  anova_scatter = ggline(anova_plot_df, x = "Peptide", y = "Norm_Counts", color = "Group", shape = "Group", add = c("mean_se", "jitter"),
                         add.params = list(size = 0.7), font.label = list(color = "Protein"), repel = TRUE, point.size = 2, plot_type = "p",
                         error.plot = "errorbar", facet.by = "Protein") +
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, size = 8, hjust = 1), plot.title = element_text(hjust = 0.5)) + 
    scale_color_manual(values = c("#440154FF", "#21908CFF")) +
    ylab("Counts normalized to beads only controls") + 
    xlab("Peptide") + 
    ggtitle("Mean comparison between VSG221 infected mice (3 infected mice) and mock mice (2 mock mice)") +
    stat_compare_means(aes(group = Group), label = "p.signif", method = "anova",
                       symnum.args = list(
                         cutpoints = c(0, 0.000001, 0.00001, 0.0001, 0.001, 1), symbols = c("****", "***", "**", "*", "ns")))

  return(anova_scatter)
}

p221_D0_plot = p_221_anova_plot(p221_D0_anova)
p221_D0_plot

`

Я хочу сделать сюжет, похожий на этот.

Wanted plot

После того, как я использую функцию facet.by, график выглядит следующим образом.

Wrong plot

...