Насколько я могу судить, идея о том, что это требуется только один раз для каждого AppDomain, остается неизменной. Я всегда выполняю свои сопоставления при инициализации самой программы. Хотя я не использую AutoMapper, я использую библиотеку IoC (Windsor), которая требует своего рода сопоставления, и это делается из моего файла program.cs. Поэтому, когда приложение загружается, оно выполняет сопоставление, и поскольку преобразователь является статическим и находится в общей библиотеке, он доступен глобально.
Я не знаю, отвечает ли это на ваш вопрос или нет, но, по сути, каждое приложение имеет точку входа, и если вам нужны ваши сопоставления сразу после ввода, тогда запись - лучшее место для их размещения.