Я новичок в анализе ChIP-seq, и я продолжаю работу с bamCompare, чтобы сгенерировать файл .bw из двух файлов .bam (один ChIPed и один вход). В моем эксперименте с ChIP я изучаю обогащение очень широкой гистонной метки, которая может охватывать до мегабаз вдоль генома.
Для этого я использую следующую командную строку:
bamCompare -b1 aln_results/aln_sorted/WT_1.1_NT.srt.bam -b2 aln_results/aln_sorted/WT_1.1_NT.input.srt.bam -o IGV/WT_1.1_NT/WT_1.1_NT.scale.bw -p 3 -bl hg19/blacklist/blacklist_hg19.merged.bed --effectiveGenomeSize 2864785220 -e --ignoreDuplicates -bs 20000 --smoothLength 200000
Когда я визуализирую свой вывод в браузере генома IGV, я замечаю, что почти все области генома c показывают отрицательные значения, что заставляет меня задуматься. Мне известно о том, что по умолчанию для параметра --operation установлено значение log2, и поэтому ожидаются отрицательные значения. Однако в целях визуализации я попытался установить «--operation mean», и теперь я получил положительные значения в выходных данных и в треке браузера генома.
Следовательно, мне интересно, насколько уместно установить - «среднее значение» или любой другой вариант, а не вычисление отношения log2 между ChIP и входными выборками.
Кроме того, было бы целесообразно также установить метод нормализации, такой как BPM, или вы предложите использовать вместо этого коэффициенты масштабирования?
Спасибо!