Я уже решил свой вопрос.
Чтобы изменить фон MenuItem, он должен использовать Шаблон.
Вот стиль MenuItem:
<Style x:Key="TopLevelHeaderStyle" TargetType="{x:Type MenuItem}">
<Setter Property="Background" Value="#000d18"/>
<Setter Property="Foreground" Value="#d8d8d8"/>
<Setter Property="Width" Value="72"/>
<Setter Property="Height" Value="42"/>
<Setter Property="FontSize" Value="16"/>
<Setter Property="Template">
<Setter.Value>
<ControlTemplate TargetType="{x:Type MenuItem}">
<Border x:Name="MenuItemBorder" Width="72" Height="42" BorderBrush="{TemplateBinding BorderBrush}" BorderThickness="{TemplateBinding BorderThickness}" Background="{TemplateBinding Background}">
<Grid VerticalAlignment="Center">
<Grid.ColumnDefinitions>
<ColumnDefinition Width="Auto"/>
<ColumnDefinition Width="Auto"/>
</Grid.ColumnDefinitions>
<ContentPresenter Content="{TemplateBinding Header}" ContentSource="Header" Margin="{TemplateBinding Padding}" SnapsToDevicePixels="{TemplateBinding SnapsToDevicePixels}"/>
<Popup AllowsTransparency="True" IsOpen="{Binding IsSubmenuOpen, RelativeSource={RelativeSource TemplatedParent}}" Placement="Bottom" PlacementTarget="{Binding ElementName=MenuItemBorder}"
HorizontalOffset="1" VerticalOffset="-1">
<Border BorderBrush="#414141" Background="#414141">
<ScrollViewer Style="{DynamicResource {ComponentResourceKey ResourceId=MenuScrollViewer, TypeInTargetAssembly={x:Type FrameworkElement}}}">
<ItemsPresenter SnapsToDevicePixels="{TemplateBinding SnapsToDevicePixels}"/>
</ScrollViewer>
</Border>
</Popup>
</Grid>
</Border>
<ControlTemplate.Triggers>
<Trigger Property="IsHighlighted" Value="True">
<Setter Property="Background" Value="#1271C8"/>
</Trigger>
</ControlTemplate.Triggers>
</ControlTemplate>
</Setter.Value>
</Setter>
</Style>
Установить шаблон пересмотреть исходный шаблон и использовать ContentPresenter, чтобы показать содержимое, и всплывающее окно, чтобы показать SubMenuItem, у которого ItemsPresenter может отображать содержимое subMenuItem. Настройте стиль всплывающего окна в соответствии с ожиданиями.
Кроме того, Trigger IsHighlighted может изменять фон MenuItem до щелчка по другой позиции.
Стиль SubMenuItem может использовать другой настраиваемый стиль для изменения.
Новый стиль: