Обычно вы не используете версию EF, потому что - у вас все равно есть только одна база данных.
Вы делаете версию API, потому что это «интерфейс publi c», а не детали реализации. Но БД является внутренней и является деталью реализации.
Именно поэтому большинство людей не будут выставлять объекты EF через API - они будут проецировать их на объекты API (это способ, которым вы можете обрабатывать изменения в БД при управлении версиями).