Мне удалось объединить $ (ProjectDir) и $ (PublishDir), чтобы получить папку публикации. Однако я публиковал приложение SharePoint, но думаю, что оно должно работать и в других случаях.
Например, для вызова программы
<Exec Command=""$(ProjectDir)\app.exe" "$(ProjectDir)$(PublishDir) ""/>