Вы должны отправить его с помощью name="cats[]"
и получить данные своего флажка в Controller:
$cats = $this->input->get('cats',true);
переменная $cats
вернет массив. если вам нужна строка data1|data2
, вы можете создать ее в своем контроллере, зацикливая каждый массив.
Однако, если по какой-то причине вам необходимо передать данные флажка в формате search?cats=data1|data2
, вы можете использовать скрытое поле и изменяйте значение скрытого поля при каждом изменении вашего флажка.