Первый быстрее, потому что он обновляет только строки, которые не 37 - это 900 000 строк по вашему описанию, но это лучше, чем 1 000 000. Если таких строк нет, производительность этих двух систем будет примерно одинаковой.
Обновление большого количества строк стоит дорого из-за накладных расходов на блокировку и ведение журнала. SQL Сервер обновляет строку, даже если изменений нет, поэтому настоятельно рекомендуется выполнить фильтрацию перед обновлением. Иногда эффективнее просто воссоздать таблицу.