проблема при установке модуля Bio :: Search :: Hit :: GenericHit в Perl - PullRequest
Новая
       32

проблема при установке модуля Bio :: Search :: Hit :: GenericHit в Perl

0 голосов
/ 29 апреля 2020

Итак, я пытаюсь построить ортологи lncsRNA для видов приматов, используя , этот инструмент может увидеть Сценарии написаны на Perl. Поэтому я устанавливаю perl-bioperl in conda И затем perl buildOrthologs.pl --help

Когда я это делаю, он говорит, что 

Can't locate Bio/Search/Hit/GenericHit.pm in @INC (you may need to install the Bio::Search::Hit::GenericHit module)

Поэтому я попытался установить его с помощью команды cpanm -f Bio::Search::Hit::GenericHit, и я получаю следующее сообщение: 

   ! Installing the dependencies failed: Module 'XML::Parser' is not installed, Module 'XML::Parser::PerlSAX' is not installed

! Bailing out the installation for XML-DOM-1.46.

! Installing the dependencies failed: Module 'XML::DOM' is not installed

! Bailing out the installation for XML-DOM-XPath-0.14.

! Installing the dependencies failed: Module 'XML::DOM' is not installed, Module 'XML::DOM::XPath' is not installed, Module 'XML::Parser::PerlSAX' is not installed, Module 'XML::Twig' is not installed, Module 'DB_File' is not installed

! Bailing out the installation for BioPerl-1.7.7

И снова я пытался установить эти отсутствующие зависимости, но, например, для XML :: Parser я получаю следующее: 

--> Working on XML::Parser

Fetching http://www.cpan.org/authors/id/T/TO/TODDR/XML-Parser-2.46.tar.gz ... OK

Configuring XML-Parser-2.46 ... N/A

! Configure failed for XML-Parser-2.46. See /home/anna9230/.cpanm/work/1586360266.16106/build.log for details.

С cat build.log: 

cpanm (App::cpanminus) 1.7044 on perl 5.026002 built for x86_64-linux-thread-multi
Work directory is /home/anna9230/.cpanm/work/1586360266.16106
You have make /home/anna9230/miniconda3/bin/make
You have LWP 6.43
You have /usr/bin/tar: tar (GNU tar) 1.30
Copyright © 2017 Free Software Foundation, Inc.
License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <https://gnu.org/licenses/gpl.html>.
This is free software: you are free to change and redistribute it.
There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.

Geschrieben von John Gilmore und Jay Fenlason.
You have /usr/bin/unzip
Searching XML::Parser () on cpanmetadb ...
--> Working on XML::Parser
Fetching http://www.cpan.org/authors/id/T/TO/TODDR/XML-Parser-2.46.tar.gz
-> OK
Unpacking XML-Parser-2.46.tar.gz
Entering XML-Parser-2.46
Checking configure dependencies from META.json
Checking if you have ExtUtils::MakeMaker 6.58 ... Yes (7.24)
Configuring XML-Parser-2.46
Running Makefile.PL
Couldn't find your C compiler
Compilation failed in require at **Makefile.PL line 4.
BEGIN failed--compilation aborted at Makefile.PL line 4.
-> N/A
-> FAIL Configure failed for XML-Parser-2.46. See /home/anna9230/.cpanm/work/1586360266.16106/build.log for details.

строка 4 в MakeFile.PL: используйте Devel::CheckLib;

PS. Я работаю в Linux через сервер в настоящее время

Буду признателен за любую помощь или комментарий, Анна

...