ОК, я понял, это то, что мне нужно:
knit: (function(inputFile, encoding) {
rmarkdown::render(inputFile,
encoding = encoding,
output_format = "all",
knit_root_dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())
})
Возможно, есть лучший способ найти каталог проекта, но я ничего не смог найти.