Вот ваш исправленный код:
1) Во-первых, вы объявили двумерный массив размера мусора.
2) Во-вторых, индексация массива начинается с 0 в большинстве программ. языки, кроме MATLAB.
3) Всегда используйте прединкремент до тех пор, пока постинкремент не является абсолютно необходимым.
#include <iostream>
using namespace std;
int main()
{
int n;
cin >> n;
int i, j;
int arr[n][n];
int x1 = 0, x2 = 0;
for (i = 0; i < n; ++i)
{
for (j = 0; j < n; ++j)
{
cin >> arr[i][j];
}
}
for (i = 0; i < n; ++i)
{
for (j = 0; j < n; ++j)
{
if (i == j)
x1 += arr[i][j];
}
}
for (i = 0; i < n; ++i)
{
for (j = 0; j < n; ++j)
{
if(i + j == n - 1)
x2 += arr[i][j];
}
}
cout << abs(x1 - x2);
return 0;
}
PS: У вас много возможностей для улучшения форматирование кода.