Nextflow не кластеризуется, когда добавляется что-либо кроме чанкованного ввода - PullRequest
0 голосов
/ 22 февраля 2020

Я пытаюсь кластеризовать процесс поэтапно, построчно направляя iterChunks. Он отлично кластеризуется, когда указывается только val chunk из ввода iterChunks. Однако одновременно выполняется только один процесс, когда добавляются дополнительные входы. Что может вызвать это и возможные обходные пути?

iterChunks = chunks.splitText(by: 1)



process phasing {

    executor 'pbs'

    cpus 8

    queue 'long'

    time '1h'

    memory '2 GB'



    input:

    val chunk from iterChunks

    file '*' from refPanel

    file '*' from chunks_chr

    output:

    shell:

    '''

    IFS=' ' read chr CHUNK_START CHUNK_END <<< "!{chunk}"



    !{bin}prototype_phasing_job.sh $chr $CHUNK_START $CHUNK_END

    '''

}
...