Почему бы вам просто не позвонить в службу поддержки .NET Reactor и напрямую спросить, почему вы получаете 32-разрядные сборки (то есть, если они утверждают, что их продукт производит 64-разрядные сборки).
Между прочим, когда я собираю свои сборки .NET, я использую параметр / platform с «anycpu», который указывает, что полученные сборки могут работать в любой версии Windows (т. Е. На x32 Windows работает как 32-разрядная версия). сборки и на x64 Windows работают как 64-битные сборки).
Затем я запутываю их с помощью своего инструмента обфускатора (который не является .NET Reactor) и отлично работаю в обеих средах.