Да. Один из способов сделать это - рекурсивно просмотреть структуру каталогов, и для каждого имени файла проверить, действительно ли оно допустимо, и если оно недопустимо, введите правильное имя файла и загрузите его в Sharepoint.
Вы можете создать регулярное выражение, которое соответствует всем запрещенным символам, и заменить их разрешенными символами, такими как подчеркивание. Если вам нужно, чтобы имена были уникальными, и вы обеспокоены тем, что при таком подходе вы можете создать повторяющиеся имена, сохраните все использованные имена (т.е. загруженные в Sharepoint) во что-то вроде HashSet и проверьте это перед использованием сгенерированного имени. Если имя уже существует, вы можете добавить префикс или суффикс, пометить для вмешательства человека или сделать что-то еще, в зависимости от ваших требований.