Упорядочить сюжеты ggsurv с одной общей легендой - PullRequest
Новая
       35

Упорядочить сюжеты ggsurv с одной общей легендой

3 голосов
/ 28 января 2020

Я пытаюсь построить несколько кривых Каплана-Мейера в сетке с общей легендой в R. Здесь ( общая легенда вrange_ggsurvplots ) ggsurvplot_facet рекомендуется. Тем не менее, в моем случае каждый график основан на различном подборе с использованием разных переменных, поэтому ggsurvplot_facet (по крайней мере, в моем понимании) здесь не применимо. Пожалуйста, смотрите мои данные и скрипт ниже. Есть ли способ организовать эти сюжеты, разделяя одну легенду? Я пытался работать с ggarrange и grid_arrange_shared_legend, но не смог заставить его работать с объектами ggsurvplot. 

library(survival)
library(survminer)

data_km <- data.frame(DaysToFirstDetectByBird = c(16.88, 50.17, 1.14, 22.46, 9.95, 4.64, 1.08, 7.06, 1.86, 0.00, 1.11, 2.87, 3.63, 29.15, 0.31, 13.89, 2.16, 2.24, 5.93, 0.12, 0.92, 0.06, 0.08, 0.32, 1.23, 19.06, 8.09, 0.17, 16.04, 4.86, 4.11, 2.94, 0.06, 5.69, 4.87),
           FirstDetectByBirdEvent = c(1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1),
           DaysToFirstDetectByMammal = c(1.63, 6.47, 1.44, 1.62, 1.22, 1.13, 2.22, 3.43, 10.66, 2.37, 20.83, 0.64, 1.09, 1.46, 0.49, 0.72, 0.90, 0.59, 6.05, 10.43, 3.04, 0.68, 0.53, 27.47, 0.93, 2.57, 0.46, 0.68, 2.61, 5.32, 0.69, 0.22, 0.42, 0.51, 0.50),
           FirstDetectByMammalEvent = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1),
           OcGroup = c("Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Open", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest", "Forest"))

# plotA
SurvFit_DetectionBird <- survfit(Surv(DaysToFirstDetectByBird, FirstDetectByBirdEvent) ~ OcGroup, data = data_km)
plot_DetectionBird <- ggsurvplot(SurvFit_DetectionBird)
plot_DetectionBird$plot <- plot_DetectionBird$plot + labs(title = "A")

# plotB
SurvFit_DetectionMammal <- survfit(Surv(DaysToFirstDetectByMammal, FirstDetectByMammalEvent) ~ OcGroup, data = data_km)
plot_DetectionMammal <- ggsurvplot(SurvFit_DetectionMammal)
plot_DetectionMammal$plot <- plot_DetectionMammal$plot + labs(title = "B")

# arrange plots
plots <- list(plot_DetectionBird, plot_DetectionMammal)
res <- arrange_ggsurvplots(plots, print = FALSE,
                           ncol = 1, nrow = 2)

ggsave("~/Desktop/survplots_test.pdf", res)

enter image description here

1 Ответ

2 голосов
/ 28 января 2020

Вы можете использовать patchwork пакет, но сначала вам нужно извлечь объект ggplot из объекта "ggsurvplot" 

library(patchwork)
(plot_DetectionBird$plot + plot_DetectionMammal$plot) / guide_area() + 
  plot_layout( guides = 'collect')
...