Обычно это проблема с разницей во времени на вашем компьютере и на сервере.
Если ваша машина немного впереди, то Visual Studio не будет перезаписывать некоторые файлов на сервере во время публикации.
Лучше всего удалить все на сервере, а затем опубликовать. Или синхронизируйте часы. Однако даже тогда иногда такие вещи, как файлы ресурсов, по-прежнему не публикуются правильно.
В.С. пытается здесь быть слишком умным.
Еще одна вещь, которую нужно сделать, это установить флажок «Удалить все существующие файлы перед публикацией», если он доступен.