Используйте DataFrame.loc
с кортежами для выбора столбцов MultiIndex и установите новое значение, например:
assets = ['X','Y']
columns = pd.MultiIndex.from_product(
[assets, ['A', 'B', 'C']],
names=['asset', 'var']
)
res = pd.DataFrame(0, index=range(3), columns=columns)
print (res)
asset X Y
var A B C A B C
0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0
2 0 0 0 0 0 0
res.loc[0, ('X','B')] = 100
print (res)
asset X Y
var A B C A B C
0 0 100 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0
2 0 0 0 0 0 0