добавить echo = FALSE в r-блок. Это удалит оцененный код из чанка. Также вы можете добавить сообщение = ЛОЖЬ и предупреждение = ЛОЖЬ, чтобы не показывать сообщения и предупреждения.
Пример (построит диаграмму и не покажет код, предупреждения и сообщения).
```{r, echo=FALSE,warning=FALSE,message=FALSE}
plot(iris)
```