Если это будет делать что-то непрерывно в фоновом режиме, вы, возможно, захотите, чтобы это была служба Windows. Если вам нужно отобразить результаты обработки, вы можете попросить службу написать их где-нибудь, к чему у них есть доступ к рабочему столу или веб-приложению.
Где будет размещаться веб-приложение, если вы пойдете по этому пути? Будет ли оно иметь лучшее сетевое соединение, чем где бы приложение для ПК не работало? В зависимости от того, что именно вы делаете, это может повлиять на производительность.
Если вам нужно выполнить эту операцию с несколькими серверами или с несколькими файлами одновременно, то вы можете использовать несколько потоков - но если это просто случай запроса, обработки ответа, повторного запроса и т. это может быть необязательным или полезным в сервисном подходе. Вы должны быть осторожны, чтобы вы могли записать результаты таким образом, чтобы они могли одновременно считываться настольным или веб-приложением без блокировки.
Помимо этого, нам действительно нужно больше информации о том, что вы пытаетесь сделать - сейчас все немного расплывчато.