У меня похожая потребность в нашей компании. Я угнал метод бесплатной доставки в качестве опции получения товара из магазина. Но нам нужно взимать местные налоги. Я немного погуглил и нашел этот пост в блоге Jamersan eCommerce Consulting, который дает вам хотя бы часть решения.
https://jamersan.com/magento-setting-order-quotes-tax-rate-based-on-shipping/
По сути, вам необходимо кратко изменить налоговый класс клиента во время оформления заказа, если он выберет опцию «Пикап из магазина». Затем, как только они завершили проверку, вы переключаете их обратно на тот налоговый класс, в котором они изначально находились. В нашей компании у нас есть Розничные и Оптовые клиенты. Поэтому я бы временно изменил розничного покупателя на налоговый класс «Пикап магазина», а затем переключил бы его обратно на «Розничного покупателя» после завершения оформления покупки (или в случае перехода на другой способ доставки). Оптовые клиенты не будут меняться независимо от способа доставки, поскольку в качестве посредника с них все равно не взимается налог.
Я разместил комментарий в блоге, запрашивающий доступ к его коду через github или что-то подобное. А пока попробую самому что-нибудь взломать. Но я начинающий разработчик Magento (в лучшем случае). Если мне удастся что-то собрать, я дополню этот ответ ссылкой на код.