Вероятно, проблема с classpath. Если вы используете протокол, который зависит от какой-то библиотеки (jar), которую вы включили, а затем экспортировали JAR из eclipse, то файлы JAR, которые вы включили в ваш проект, вероятно, не будут найдены рабочим кодом вне eclipse. Вам нужен файл манифеста в вашем банке, который будет указывать на библиотеки, которые вам нужны.