Из опции командной строки -jar :
"- jar" Когда вы используете эту опцию, файл JAR является источником всех пользовательских классов, а другие параметры пути к классам пользователей игнорируются
Итак, кажется, что прямой ответ - нет.
Вы можете написать свой собственный класс начальной загрузки, который использует обычный путь к классу Java (включая ваш файл persistence.xml), а затем загрузить UberJar, хотя вы, вероятно, используете UberJar, чтобы избежать этого ...