Я предполагаю, что эти файлы являются некоторыми файлами конфигурации. Я бы предложил следующий подход. Сообщите Git об изменениях:
git update-index --no-skip-worktree EACH_FILE
Sta sh эти изменения:
git stash save "Save local conf"
Теперь вы можете без проблем оформить заказ в другой ветви, а затем восстановить локальные изменения :
git stash pop
и вы можете исправить конфликты, если они есть, принимая ваши локальные изменения.