Онтологии и Граф-инструмент Python

Question

Есть ли способ создать график из файла онтологии с использованием библиотеки Graph-tool в Python?

Я провел некоторые исследования и обнаружил, что :

• Инструмент Graph не поддерживает файлы .owl и .rdf.
• Насколько мне известно, не существует очевидного способа преобразования онтологии в граф с использованием этой библиотеки. (Надеюсь, я что-то упустил, о чем кто-то здесь знает).

Что я пробовал:

У меня была идея преобразование OWL-онтологий и OBO в NetworkX Graph, а затем в Graph-инструмент (поскольку вся моя предыдущая работа была выполнена с Graph-tool).

Метод 1: Используется into2nx библиотека.

Проблемы:

• Действительно медленный при загрузке онтологий и останавливается на полпути.
• вообще не задокументировано, поэтому я даже не смог понять, как это работает, даже после проверки исходного кода (человек, который его создал, был уведомлен, но не ответил ).

Метод 2: Использовано RDFLib библиотека.

Я основал свое решение на этом нет ответ но:

Проблемы:

• Метод хранения графа онтологий networkx в файле GraphML не поддерживает смешанные графы (направленные и однонаправленные края вместе) , что мне и нужно.

Answer 1

Вы пробовали это:

https://readthedocs.org/projects/the-data-driven-ontology-toolkit-ddot/downloads/pdf/latest/

У него есть функция tonetworkx, может быть, это поможет.