«Вы» в данном случае означают две вещи: «Вы пользователь Команд» и «Вы разработчик Бота». Для «обычного» пользователя эти две вещи - отдельные вещи. В результате, да, ПОЛЬЗОВАТЕЛЬ вошел в КОМАНДЫ, но они не дали (то есть делегировали) ВАШЕЙ СЛОЖЕ права (то есть авторизации) на подключение к другим службам (даже Microsoft Graph) от его / ее имени. Это та часть, с которой вам нужно разобраться, отправив карточку «входа».
Если бы все было наоборот, и просто подключившись к вашему боту, то пользователь автоматически предоставил ему права на получить доступ от НИЧЕГО от его / ее имени, это будет ОГРОМНАЯ угроза безопасности.