Существуют другие библиотеки, которые могут делать исключения. Например, wcmatch (полное раскрытие, я его автор) позволяет использовать шаблоны исключений (при включении с помощью флага). Шаблоны исключения даются вместе с обычными шаблонами, и он фильтрует возвращаемый список файлов:
from wcmatch import glob
glob.glob(['*.txt', '!*ER*.txt'], flags=glob.N)
Вот пример из реальной жизни:
from wcmatch import glob
>>> glob.glob(['*.md'], flags=glob.N)
['LICENSE.md', 'README.md']
>>> glob.glob(['*.md', '!*EA*.md'], flags=glob.N)
['LICENSE.md']