Возможно, ваш code.x не имеет разрешения на выполнение.
Добавьте 2>error.log
в конец команды, запустите at
, а затем проверьте error.log, чтобы увидеть, что на самом деле происходит.
# job.txt
./code.x < input_deck.in > results.out 2> error.log
# terminal
at -M -f job.txt now
cat error.log
Вы можете удалить 2>error.log
после решения проблемы.