Должно было быть логическое значение, указывающее PS, хотите ли вы сплющить слои или нет, но, как это часто бывает в случае кода DOM, его нет. АМ код для спасения!
var desc = new ActionDescriptor();
desc.putBoolean(charIDToTypeID('Dplc'), true); // true to merge to new, false to flatten
executeAction(charIDToTypeID('MrgV'), desc, DialogModes.NO);