Я не уверен, о чем ты говоришь. Например,
String[] parts = "the quick brown fox".split("\\s+");
правильно маркирует строку без начальных или конечных пробелов на любом токене и без пустых токенов. Если во входной строке могут быть начальные или конечные пробелы, то вызов String.trim()
удалит возможность пустых токенов.
РЕДАКТИРОВАТЬ Из вашего другого комментария я догадываюсь, что вы читаете ввод по одной строке, а затем токенизируете строки. Вам, вероятно, нужно trim
каждую строку перед токенизацией.