JTDS является открытым исходным кодом (LGPL), другой является проприетарным, сделан sybase. С точки зрения того, что работает лучше, вам придется тестировать.
Sybase вызывает свою последнюю версию JDBC jconn4.jar, поэтому версия, на которую вы ссылаетесь, соответствует только спецификации JDBC 2.0. JTDS соответствует JDBC 3.0. Важность этого зависит от версии Java, которую вы используете для запуска приложения.