почему указанному c процессу не хватает памяти? - PullRequest
Новая
       8

почему указанному c процессу не хватает памяти?

0 голосов
/ 11 апреля 2020

Я выполняю команду ciftify_recon_all на MBP 2019 с Каталиной.

Это работает, когда я набираю команду (в моем терминале) для каждого субъекта 

ciftify_recon_all --ciftify-work-dir /Users/neurolab/Desktop/Stephan/Oncology/Data/HCP --fs-subjects-dir /Users/neurolab/Desktop/Stephan/Oncology/Data/Recon Sub0001_Ses1_Scan_01_ANAT1.gz

, но когда Я использую al oop (в терминале zsh) для всех своих предметов. Я получаю ошибку ниже: 

#!/bin/csh 

set count = 3
set stop = 100

set att_file = /Users/neurolab/Desktop/Stephan/Oncology/Data/Recon/list.txt


while($count <= $stop)
set sub = `head -n $count $att_file | tail -n 1 | awk '{print $1}'`

echo %%-------------------------${count}--------------------------${sub}----------------------------

echo $sub 




ciftify_recon_all --ciftify-work-dir /Users/neurolab/Desktop/Stephan/Oncology/Data/HCP --fs-subjects-dir /Users/neurolab/Desktop/Stephan/Oncology/Data/Recon $sub



@ count = $count + 1

end






/Users/neurolab/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/ciftify/utils.py:286: YAMLLoadWarning: calling yaml.load() without Loader=... is deprecated, as the default Loader is unsafe. Please read https://msg.pyyaml.org/load for full details.
  config = yaml.load(yaml_stream)
dyld: lazy symbol binding failed: Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: //Users/neurolab/Desktop/Stephan/Programmes/freesurfer/bin/../lib/gcc/lib/libgomp.1.dylib
  Expected in: /usr/lib/libSystem.B.dylib

dyld: Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: //Users/neurolab/Desktop/Stephan/Programmes/freesurfer/bin/../lib/gcc/lib/libgomp.1.dylib
  Expected in: /usr/lib/libSystem.B.dylib

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/neurolab/opt/anaconda3/bin/ciftify_recon_all", line 8, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/Users/neurolab/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/ciftify/bin/ciftify_recon_all.py", line 1436, in main
    run_ciftify_recon_all(tmpdir, settings)
  File "/Users/neurolab/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/ciftify/bin/ciftify_recon_all.py", line 125, in run_ciftify_recon_all
    settings.registration, temp_dir)
  File "/Users/neurolab/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/ciftify/bin/ciftify_recon_all.py", line 683, in convert_FS_surfaces_to_gifti
    write_cras_file(freesurfer_subject_dir, cras_mat)
  File "/Users/neurolab/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/ciftify/bin/ciftify_recon_all.py", line 707, in write_cras_file
    'brain.finalsurfs.mgz')])
  File "/Users/neurolab/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/ciftify/utils.py", line 442, in get_stdout
    stdout = subprocess.check_output(cmd_list)
  File "/Users/neurolab/opt/anaconda3/lib/python3.7/subprocess.py", line 411, in check_output
    **kwargs).stdout
  File "/Users/neurolab/opt/anaconda3/lib/python3.7/subprocess.py", line 512, in run
    output=stdout, stderr=stderr)
subprocess.CalledProcessError: Command '['mri_info', '/Users/neurolab/Desktop/Stephan/Oncology/Data/Recon/Sub0014_Ses1_Scan_01_ANAT1.gz/mri/brain.finalsurfs.mgz']' died with <Signals.SIGABRT: 6>.

Процесс никогда не использует всю мою память. Но я думаю, что та же ошибка возникает, когда я запускаю ciftify с некоторыми другими программами. Но запуск только l oop также вызывает ту же ошибку.

...