У вас нет двумерной матрицы, у вас просто есть список строк с одним элементом для каждой строки. Вам нужно разделить его на отдельные числа.
for line in filename:
number.append(line.split())
Вы также можете одновременно выполнять преобразование с плавающей запятой, и вы можете построить список, используя понимание списка.
number = [[float(cell) for cell in line] for line in filename]