Я новичок в gromacs, в моем институте есть TESLA V100 (16 ГБ) с 11 узлами GPU и более 200 узлами CPU. Я не знаю, как написать лучший сценарий слерма, чтобы максимально использовать его.
в настоящее время моя загрузка графического процессора составляет ~ 400 МБ из 16 ГБ.
мой текущий сценарий ниже
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --partition=standard
#SBATCH --error=job.%J.err
#SBATCH --output=job.%J.out
#SBATCH --time=1-00:00:00
#SBATCH --gres=gpu:1
module load gromacs
gmx_mpi mdrun -deffnm npt -v
, пожалуйста, помогите мне в написании лучшего сценария для повышения эффективности
Примечание: Gromacs ограничивает поток до 64 MPI только выше этого предела, он не будет работать. 