вы не можете программно установить пароль: См. ЗДЕСЬ
"Невозможно программно указать пароль для заблокированного проекта VBA.", Который говорит, что мы не можем установить пароль с помощью кода , но мы можем программно проверить, заблокирован ли конкретный проект vba.
После, если вы хотите установить пароль с помощью C#, используйте автомат, который отправляет ключ в нужное окно.
Образец ЗДЕСЬ