Установить R пакеты с помощью conda через файл environment.yml - PullRequest
Новая
       79

Установить R пакеты с помощью conda через файл environment.yml

0 голосов
/ 19 марта 2020

Обычно я создаю среду conda, например ... 

conda env create -f environment.yml
conda activate env_name

Обычно я работаю в Python, где типичный environment.yml простой файл может выглядеть следующим образом ... 

name: env_name
dependencies:
  - python=3.7
  - pip=19.3
  - pandas=0.24.2
  - pip:
    - scipy==1.2.1

Как должен выглядеть файл environment.yml для установки пакетов R? Пакеты на CRAN

1 Ответ

1 голос
/ 20 марта 2020

Общее правило состоит в том, что большинство пакетов R имеют соответствующие пакеты в Anaconda Cloud с добавленным префиксом r-. Очень распространенные из CRAN обычно находятся в канале r (подмножество defaults), другие доступны через conda-forge. Все пакеты Bioconductor доступны по каналу bioconda с префиксом bioconductor-.

Хорошее место для начала - просто поиск в Anaconda Cloud ( пример поиска ).

Пример

Предположим, вам нужен зонтичный пакет tidyverse. YAML для этого будет 

name: my_r_env
channels:
 - defaults
dependencies:
 - r-tidyverse
...