Я широко использовал кунжут в своих проектах на работе. Я обнаружил, что он достаточно быстрый и надежный для большинства ситуаций, в которых я нахожусь. Он определенно превзошел решения Jena для хранения данных по множеству направлений. Sesame 1.x имеет более высокую производительность запросов, чем версия 2.x, но версия 2.x имеет некоторые приятные функции, такие как контексты и поддержка sparql.
Если вы хотите использовать традиционную реляционную базу данных, вы можете посмотреть что-то вроде D2RQ или что-то вроде Owlgres (если вы хотите сделать вывод).