Решение заключается в том, что вам нужно согласие между вызовами методов сканирования.
Либо оба должны быть nextLine, либо оба должны быть следующими.
В качестве отступления - мне очень нравится использование .equalsIgnoreCase вместо .equals для сравнения строк, так как это делает код простым и легким для чтения. (Вы можете пропустить, например, toUpperCase и дополнительные условия)
Что касается того, почему / что именно делает сканер, который вызывает эту проблему, это гораздо более подробно и суетно.