R PCA: с помощью функции fviz_pca_ind мы можем иметь две категориальные переменные: одну форму точки и один цвет заливки?

Question

Я пытаюсь составить график PCA с отдельными лицами - где одна категориальная переменная (A) будет представлена ​​в виде точки (например, одна группа в виде круга, вторая в виде квадрата и т. Д. c.) - и вторая категориальная переменная (B) в качестве цвета внутри точки. Возможно ли это? Какой код вы бы использовали?

Answer 1

Я не думаю, что вы можете изменить вывод с fviz_pca_ind(), поэтому вам нужно будет извлечь данные из результатов и построить их снова, используя ggplot2:

library(factoextra)
library(ggplot2)

data <- iris
colnames(data)[5] <- "A"
data$B <- sample(letters[1:2],nrow(data),replace=TRUE)

res.pca <- prcomp(data[,1:4],  scale = TRUE)
basic_plot <- fviz_pca_ind(res.pca, label="none")

ggplot(cbind(basic_plot$data,data[,c("A","B")]),
aes(x=x,y=y,col=A,shape=B)) + geom_point() + theme_bw()