R-Wrapper для C -Функция не работает должным образом - PullRequest
Новая
       24

R-Wrapper для C -Функция не работает должным образом

2 голосов
/ 19 марта 2020

В настоящее время я представляю себя C, чтобы расширить свои R-функции. Я написал функцию в C для некоторых вычислений, и они работают нормально. Но как только я пишу обертку в самом R, возникает какая-то ошибка. Рассмотрим мою C -функцию как «colV», а «ab c» - как некоторую произвольную матрицу.

Оператор (R) .Call("colV", abc, ncol(abc), nrow(abc)) работает совершенно нормально (каждый раз, независимо от того, как часто я его использую) ), тогда как 

colV = function(x){
  nc = ncol(x)
  nr = nrow(x)
  .Call("colV", x, nc, nr)
}

дает неверный результат при третьем использовании: 

> colV(abc)
[1] 1.4274933 0.6254796 0.6774042 1.7094617 0.7250386
> colV(abc)
[1] 1.4274933 0.6254796 0.6774042 1.7094617 0.7250386
> colV(abc)
[1] -8.370087e+22  6.254796e-01  6.774042e-01  1.709462e+00  7.250386e-01

Если я снова объявлю обертку, первые два прогона будут работать нормально, а третий снова попытается выполнить то же самое результат появляется. Обратите внимание, что кроме внешнего вида на самом деле изменяется только первое значение!

Есть ли у кого-то идеи, что не так с оберткой? Как было сказано выше, если я использую только оператор .Call, всегда возвращается правильный результат: 

> .Call("colV", abc, ncol(abc), nrow(abc))
[1] 1.4274933 0.6254796 0.6774042 1.7094617 0.7250386
> .Call("colV", abc, ncol(abc), nrow(abc))
[1] 1.4274933 0.6254796 0.6774042 1.7094617 0.7250386
> .Call("colV", abc, ncol(abc), nrow(abc))
[1] 1.4274933 0.6254796 0.6774042 1.7094617 0.7250386
> .Call("colV", abc, ncol(abc), nrow(abc))
[1] 1.4274933 0.6254796 0.6774042 1.7094617 0.7250386
> .Call("colV", abc, ncol(abc), nrow(abc))
[1] 1.4274933 0.6254796 0.6774042 1.7094617 0.7250386
> .Call("colV", abc, ncol(abc), nrow(abc))
[1] 1.4274933 0.6254796 0.6774042 1.7094617 0.7250386

Кроме того, у меня не было этой проблемы с использованием интерфейса. C, однако это не так. решение для меня из-за скорости и памяти. Заранее спасибо Erin

Редактировать: Вот код C: 

#include <R.h>
#include <Rinternals.h>
#include <Rmath.h>


SEXP colV(SEXP y, SEXP n, SEXP r){
    int *nc = INTEGER(n);
    double *x = REAL(y);
    int d = length(y);
    int *nr = INTEGER(r);
    int i, j, z;
    //int d = nr * nc;
    double colMean[(*nc)];
    double xSq[(d)];
    double colMsq[(*nc)];
    double xSm[(*nc)];
    SEXP result;
    PROTECT(result = allocVector(REALSXP, (*nc)));
    memset(REAL(result), 0, (*nc) * sizeof(double));
    double *colVar = REAL(result);
    //PROTECT(colVar = NEW_DOUBLE(nc));
    int fr = ((*nr) - 1);


    for(z = 0; z < (d); z++){
        xSq[z] = x[z] * x[z];
    }

    for(i = 0; i < (*nc); i++){
        for(j = 0; j < (*nr); j++){
            colMean[i] += (x[(j + ((*nr) * i)) ]);
            xSm[i] += (xSq[(j + (*nr * i))]);
        }
        colMean[i] = (colMean[i] / (*nr));
        colMsq[i] = (*nr) * (colMean[i] * colMean[i]);
        colVar[i] = ((xSm[i] - colMsq[i]) / fr);
    }
    UNPROTECT(1);
    return(result);
}

1 Ответ

0 голосов
/ 19 марта 2020

РЕДАКТИРОВАТЬ: Как сказано в комментарии, это (ниже) работает, однако для другой другой c -функции возникает та же проблема. Использование .Call напрямую дает ожидаемый результат, тогда как помещение .Call в оболочку приводит к чему-то неправильному. Я до сих пор не выяснил, почему.

Я нашел решение проблемы сейчас, однако я не понимаю, почему это решение. Если кто-нибудь может объяснить это, не стесняйтесь сделать это!

Изменение вычисления части colMean в l oop изменило все: 

...
for(i = 0; i < (*nc); i++){
        for(j = 0; j < (*nr); j++){
            colMean[i] += ((x[(j + ((*nr) * i)) ]) / (*nr));
            xSm[i] += (xSq[(j + (*nr * i))]);
        }
        //colMean[i] = (colMean[i] / (*nr));
        colMsq[i] = (*nr) * (colMean[i] * colMean[i]);
        colVar[i] = ((xSm[i] - colMsq[i]) / fr);
    }
...

Таким образом, перемещение деления на nr Непосредственно в добавлении-утверждении решается проблема.

Приятного дня / вечера, ребята!

...