Считайте весь файл как список строк, затем замените строки, которые вы хотите удалить, новым списком строк:
f = open('file.txt')
data = f.readlines()
f.close()
data[2:4] = [
'new line1\n',
'new line2\n',
'new line3\n']
f = open('processed.txt','w')
f.writelines(data)
f.close()
Обратите внимание, что нарезка списка начинается с нуля, и [2: 4] означает «элемент 2 до, но не включая элемент 4».