Все значения вашего второго выполнения ложны, потому что ни одно из значений не равно.
var c = "1,2,3" не совпадает с c = "1, 2, 3 "из-за пробелов во второй строке.
var b = [1, 2, 3] отличается от b = [a, 2, 3] из-за различного первого элемента во втором массиве.
Попробуйте приведенный ниже код
// First time
var a = [1, 2, 3];
var b = [1, 2, 3];
var c = "1,2,3";
a == c;
b == c;
a == b;
//Second time
console.log(a == c);
console.log(b == c);
console.log(a == b);
a = [1, 2, 3];
b = [1, 2, 3];
c = "1,2,3";
console.log(a == c);
console.log(b == c);
console.log(a == b);