Лучшим способом было бы упорядочить загрузку скрипта таким образом, чтобы зависимый скрипт загружался после загрузки зависимостей.
В качестве обходного пути вы можете проверить, доступна ли зависимость внутри вашего скрипта.
$( document ).ready(function() {
if (!Checkout) {
return;
}
Checkout.dosomething();
});