PostgresqlR / DBI говорит, что таблица не существует

Question

Я работаю с R 3.6.3 и PostgreSQL 12. У меня есть несколько таблиц в базе данных. У одного из них более 8 000 000 строк, и я пытаюсь получить его до R. Я использую пакет RPostgreSQL, который опирается на DBI.

> library(RPostgreSQL)
Loading required package: DBI
Warning message:
package ‘RPostgreSQL’ was built under R version 3.6.2 
> drv <- dbDriver("PostgreSQL")
> con <- dbConnect(drv, dbname="ebird_work",host="localhost", port=5432, user="postgres")
> dbListTables(con)
[1] "spatial_ref_sys" "grid_sampl"      "gridpt_of_buf"   "or_counties"    
[5] "e_grid"          "ebird_sel_spt"   "ebird_or_cov"    "ebird_dct"      
[9] "ebird_sim"       "fin_pt_no"       "eb_new"          "samp_pt"        
[13] "or_buffered"  

Я пытаюсь набрать ebird_sel_spt. Но

> dbExistsTable(con, "ebird_sel_spt")
[1] FALSE

Так что запросы вроде следующего не работают.

> dbSendQuery(con, "SELECT * FROM ebird_sel_spt LIMIT 1")
Error in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) : 
RS-DBI driver: (could not Retrieve the result : ERROR:  relation "ebird_sel_spt" does not exist
LINE 1: SELECT * FROM ebird_sel_spt LIMIT 1
                  ^
)

С PostgreSQL:

SELECT
   *
FROM
   pg_catalog.pg_tables
WHERE
   schemaname != 'pg_catalog'
AND schemaname != 'information_schema';

"p_loc" "ebird_sel_spt" "postgres"      false   false   false   false

Я новичок в PostgreSQL и используя это с R. Что я делаю не так?

РЕДАКТИРОВАТЬ - после ответа от @Parfait: я пытался использовать «p_lo c» с. разъем и я все еще получаю ошибку. Я обновил R и R PostgreSQL, так как сначала было предупреждение о том, что он был построен под более старой версией. Ошибка остается. Что еще мне нужно искать?

> library(RPostgreSQL)
Loading required package: DBI
> drv <- dbDriver("PostgreSQL")
> con <- dbConnect(drv, dbname="ebird_work",host="localhost", port=5432, user="postgres")
> dbListTables(con)
[1] "spatial_ref_sys" "grid_sampl"      "gridpt_of_buf"   "or_counties"    
[5] "e_grid"          "ebird_sel_spt"   "ebird_or_cov"    "ebird_dct"      
[9] "ebird_sim"       "fin_pt_no"       "eb_new"          "samp_pt"        
[13] "or_buffered"    
> dbExistsTable(con, "ebird_sel_spt")
[1] FALSE
> dbExistsTable(con, "p_loc.ebird_sel_spt")
[1] FALSE
> t <- Id(schema = "p_loc", table = "ebird_sel_spt")
> dbExistsTable(con, t)
[1] FALSE
> con
<PostgreSQLConnection>

> sessionInfo()
R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] RPostgreSQL_0.6-2 DBI_1.1.0        

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.3

РЕДАКТИРОВАТЬ в ответ на запрос @Parfait:

#tried a different table to see if the problem was unique to my
#to the table I was interested in. it's not.
> dbExistsTable(con, "p_loc.or_counties")
[1] FALSE

> dbSendQuery(con, "SELECT * FROM p_loc.ebird_sel_spt LIMIT 1")
<PostgreSQLResult>
Warning message:
In postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
RS-DBI driver warning: (unrecognized PostgreSQL field type geometry (id:29533) in column 18)

Я снова сделал запрос pgtable:

schemename tablename         tableowner tablespace hasindexes hasrules hastriggers rowsecurity
"public"   "spatial_ref_sys" "postgres" [NULL]     true        false      false       false
"p_loc"    "or_counties"     "postgres" [NULL]     true        false  false       false
"p_loc"    "e_grid"          "postgres" [NULL]     true        false  false       false
"p_loc"    "ebird_sel_spt"   "postgres" [NULL]     false       false  false       false

2-е РЕДАКТИРОВАНИЕ - Это происходит после редактирования, которое @Parfait внес в свой ответ. Кажется, ответ работает, и я на мгновение отмечу его.

> dbExistsTable(con, c("p_loc", "ebird_sel_spt"))
[1] TRUE
> df <- dbGetQuery(con, "SELECT * FROM p_loc.ebird_sel_spt LIMIT 1")
Warning message:
In postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) :
RS-DBI driver warning: (unrecognized PostgreSQL field type geometry (id:29533) in column 18)
> df
GLOBAL_UNIQUE_IDENTIFIER                         COMMON_NAME
URN:CornellLabOfOrnithology:EBIRD:OBS543103161 Band-tailed Pigeon
SCIENTIFIC_NAME         OBSERVATION_COUNT STATE_PROVINCE     COUNTY LOCALITY
Patagioenas fasciata                  1 Oregon             Washington   CRNA 5
LONGITUDE LATITUDE OBSERVATION_DATE TIME_OBSERVATIONS_STARTED
-123.0843  45.4498       2012-06-03                  06:22:00
FIRST_NAME                              LAST_NAME PROTOCOL_TYPE
Metro Parks and Nature Avian Monitoring      Weil    Stationary
ALL_SPECIES_REPORTED SAMPLING_EVENT_IDENTIFIER            OBS_TIME  point
                   1                 S40033350 2012-06-03 06:22:00 120747
                                             geom   pt_lon  pt_lat
01010000201E690000F851624162191E41A6F66655B8325341 493144.6 5032673

Answer 1

Поскольку ваш запрос pg_catalog.pg_tables показывает, что вы пропустили важные заголовки столбцов, эта таблица существует в схеме не по умолчанию (т. Е. Не в public схеме), в частности в p_loc:

| schemaname | tablename     | tableowner | tablespace | hasindexes | hasrule | hastriggers |
|------------|---------------|------------|------------|------------|---------|-------------|
| p_loc      | ebird_sel_spt | postgres   | NULL       | false      | false   | false       |

Поэтому рассмотрите возможность определения схемы в необходимых вызовах методов или с квалификатором периода в SQL по следующей схеме: database.schema.table.column:

# SCHEMA NAMESPACE
dbExistsTable(con, c("p_loc", "ebird_sel_spt"))
df <- dbReadTable(con, c("p_loc", "ebird_sel_spt"))

# SQL PERIOD-QUALIFIER
df <- dbGetQuery(con, "SELECT * FROM p_loc.ebird_sel_spt LIMIT 1")